Nach Jahren des Konflikts und ständiger Machtkämpfe, war die Edo Periode eine Zeit der Stabilität und des Friedens in Japan. Diese Stabilität sollte über 250 Jahre andauern und war verbunden mit der fast völligen Isolation Japans die erst mit der Meiji Restauration endete. Benannt ist dieser Abschnitt japanischer Geschichte nach der Hauptstadt dieser Zeit, Edo dem heutigen Tokio.

Japan wurde nun vom Tokugawa Shogunat regiert, mit verschiedenen Kontrollmaßnahmen wurde dafür gesorgt das die ehemals mächtigen Provinzfürsten einen Teil Ihrer Autonomie verloren. So mussten die Daimyō die Hälfte des Jahres in Edo verbringen und Ihre Familien durften die Hauptstadt überhaupt nicht verlassen, dieses politische Kontrollinstrument hieß Sankin kōtai und wurde gesetzlich festgeschrieben.

Die Bevölkerung wurde in 4 Klassen unterteilt, die unterste Klasse waren die Händler gefolgt von den Handwerkern, darüber standen die Bauern und als oberste Klasse die Samurai, welche das Land verwalteten und Steuern eintrieben. Gleichzeitig fand eine Entwaffnung des Landes statt, so durften nur die Samurai Waffen tragen die länger als ein Kurzschwert waren. Die Schusswaffen die von den Europäern nach Japan gebracht worden waren, wurden konfisziert und zerstört.

Auch das Christentum wurde 1615 in ganz Japan verboten, ausländische Missionare mußten das Land verlassen und japanische Christen wurden gezwungen Ihrem Glauben abzuschwören. Es begann eine Abschottung und Isolierung von ganz Japan, die Mitte des 17. Jahrhunderts zur Abschließungspolitik (sakoku) führte. Lediglich die Gesandten des chinesischen Kaiserreichs und der Niederländischen Ostindien-Kompanie durften sich auf japanischem Territorium aufhalten.

Obwohl Japan nun Isoliert war, blühte die Wirtschaft auf. Nach Jahren des Krieges stand nun die Entwicklung der einzelnen Provinzen und Ländereien im Vordergrund. Mitte des 18. Jahrhunderts lebten bereits über eine Millionen Menschen in Edo und auch andere Städte wie Ōsaka und Kyōto wuchsen rasch an. Edo wurde auch zur Kulturhauptstadt des Landes, Kabuki- und Bunraku-Theater erfreuten sich großer Beliebtheit und bedeutende Holzschnitte sowie Malereien entstammen dieser Zeit.

Im Jahr 1853 landete US-Admiral Matthew Perry mit einer Flotte aus neun Schiffen in der Edo Bay. Durch interne Unruhen geschwächt, zwang er das Shogunat um Shōgun Tokugawa Iesada zur Aufnahme von internationalen Beziehungen. So wurden im Vertrag von Kanagawa die Häfen Shimoda und Hakodate für amerikanische Schiffe geöffnet. Durch die Öffnung des Landes kahm es zu einer Reihe von Aufständen verschiedener Klans gegen das Shogunat. Die vom Shogunat nicht mehr kontrollierbaren Aufstände beendeten schließlich die Ära Tokugawa und führten zur Meiji Restauration im Jahr 1868 die den Kaiser wieder an die Spitze des Staates setzte.